●1993年，能源部被撤銷，成立電力工業部，南自所屬水、電兩部共管。內設機構：所辦公室、科研辦公室、總工程師辦公室、人事科、財務科、保衛科、教育科、技術信息部、標準質檢室、供應科、儀表設備科、后勤服務部、第一研究室至第十一研究室、工藝結構研究室、試制工廠、培訓中心、水文儀器質檢中心、一個分所。

　　●1996年9月18日，水利部機械與電力部機械局分家，原屬水、電兩部共管的，明確劃歸水利部管理。內設機構：綜合處(所辦公室、財務科、人事科、汽車隊、培訓中心、多經辦)、科研計劃處(科研辦公室、市場開發部、儀表設備科、技術監督處)、政工處(黨委辦公室、團委、工會、保衛科、后勤處、深圳分所、大壩分所、遙測分析、環境監測儀器分所、第二研究室至第九研究室、試制工廠、水文儀器質檢中心)。

　　●2000年4月15日，南自所由水利部機械局劃歸水利部水文局管理。

　　●2001年由科學技術部、財政部、中央編辦聯合發文，將南自所轉變為科技型企業。

　　●完成縱橫向項目478項;榮獲各類科技進步獎45項。

　　●1992年初，南自所組織對水利自動化領域STD總線技術的研究和攻關，并成功應用到福建九龍江北溪引水工程水情測報系統中。

　　●按照“全國水文衛星應用規劃”，南自所研制出全國水利水電行業中第一個衛星通信遙測系統，并于1996年在四川龔咀水電廠投入運行獲得成功。南自所研制的《無人水文站測報系統技術》，榮獲聯合國技術信息促進系統中國分部頒發的“發明創造科技之星獎”。

　　●1993年初，南自所組建了大壩安全分所，研發成功一系列具有自主知識產權和多項技術專利的新型大壩監測儀器、軟件。其中“分布式大壩應力溫度及變型監測系統”在國內為首創，該系統于1997年榮獲水利部科技進步二等獎;1998年榮獲國家科技進步三等獎，并獲得科技部科技創新基金資助。

　　●1994年與越南水文局簽訂近30萬美元的《流速儀檢定成套設備》合同。于1997年出口越南，并一次性投運成功。

　　●1995年初，組建了環保儀器分所，研發成功了一系列具有自主知識產權的新產品，EKL-3型全自動纜道測流系統裝置的研發成功，開創了我國纜道自動測流的先河，為我國纜道自動化技術的發展作出了突出貢獻。

　　●1996年前后先后承建多項國家“948”重大項目，廣西“青獅潭灌區節水增產自動監測技術”標志南自所灌區信息化建設逐步走向成熟;浙江省“大型水庫衛星聯網防汛抗旱優化調度系統”完善了省級水情信息共享技術;江蘇省“江都大型泵站計算機監控系統”獲得成功，實現了對大型泵站“無人值守，少人看管”，處于國內領先水平，為大型泵站自動化提供了樣板，系國內首創，被科技部定為“國家科技成果重點推廣計劃項目”。黨和國家領導人胡錦濤、朱镕基、溫家寶先后分別親自實地操作。

　　●南自所與澳大利亞DE公司合作研制生產水位雨量固態存儲器。從1998年至2001年，南自所提供了7600套水文固態存儲器，統一分配到全國各流域和重點水文測站使用，把我國水文測驗技術推進了一大步。

　　●1999年南自所與美國SUTRON公司合作研制成功WQC-1型氣泡式水位計。此后南自所自行研發了控制器替代進口，共推廣400臺/套。WQC-1型氣泡式水位計成功推廣為我國無測井水位觀測又增添一個先進的新品種。

　　●南自所研制的BB-1型玻璃鋼百葉箱，通過國家氣象局新產品鑒定，被國家氣象局列為換代產品。ELC型巡測車得到水利部政策性補貼和推廣應用。

　　●分別組建了全國水文儀器質量檢驗測試中心、全國標準化委員會水文儀器分技術委員會、國家技術質量監督局全國工業產品生產許可證辦公室水文儀器及巖土工程儀器生產許可證審查部。水文儀器標準化委員會自成立以來，制定了國家、行業標準及企業標準74項，獲得了國家技術質量監督局頒發的《全國技術監督先進單位》榮譽稱號，并多次受到水利部、國家技監局的表彰。

　　●1999年2月，南自所研制的JDZ05(02)-1型翻斗式雨量傳感器120臺/套批量出口馬來西亞。我國水文儀器首次超百臺出口。隨后水文儀器陸續出口到美國、東南亞、歐洲、拉丁美洲等國家和地區，截止2011年，前后共出口1850臺/套。