●1982年3月，水、電兩部合并成水利電力部，6月水電部明確南自所隸屬水利電力部。內設機構：所辦公室、科研辦公室、經營開發部、教育科、財務科、總務科、基建辦公室、黨委辦公室、實驗工廠和第一研究室至第七研究室。

　　●1988年水利電力部分成水利部、能源部，南自所系兩部共管。內設機構：所辦公室、科研辦公室、總工程師辦公室、人事科、財務科、保衛科、教育科、技術信息部、供應科、儀表設備科、后勤服務部、第一研究室至第十一研究室、工藝結構研究室、水利部水文儀器質檢中心、試制工廠、培訓中心、一個分所。

　　●1980年1月～2000年4月，南自所由水利部機械局管理。

　　●建成了總面積為24000多平方米建筑設施;各類專業科技人員從1981年的56人增加到了246人;檢測儀表和各類設備，從1981年的20多臺/套，增加到了545臺/套。

　　●完成了天津于橋水庫水情自動測報系統的建設;提出了組建國家防汛抗旱指揮系統建議;先后完成全國水電站近一半以上的水情自動測報系統的建設;新研發成功了以水情自動測報系統為代表的13種各類水利水文自動化系統。

　　●完成科研課題200多項，新研發水文傳感器60余項，獲部、省級科技獎12項，所內鑒定驗收成果115項;制訂國標8項、行標14項、企標15項;為全國水文系統培訓了一大批水文科技專業人才……。

　　●創造了16項全國“第一”和“率先”。如“率先”將計算機技術運用到全國第一套50點噴灌、150點滴灌大型噴滴灌效率測試系統上;全國第一家將自主開發研制的水文自動測報系統成功投運于廣東西枝江;“率先”將我國第一條800兆多路水利通信系統在海河水利委員會和國家防辦之間開通，等等。

　　●出版各種書籍20余種，刊物三種，共出版58期。發表學術論文470多篇，正式出版科技文字資料700多萬字。先后組團去英、美等10多個國家進行考察和學術交流，接待了近20個國家代表團、科技人員來所考察和學術交流。

　　●南自所已成為一個由多學科組成的從事水文儀器和水利水文自動化系統研制的專業研究所。在1991年召開的全國水利系統科研院所大會上，部領導譽稱南自所是水利部科研院所中“四小龍”之一。